پنجشنبه، پنجم آبان ۱۳۶۷، آیت‌الله سید روح الله خاتمی بنیان‌گذار مدرسه علمیه اردکان و نماینده امام خمینی (در استان یزد) و امام جمعه یزد بعد از آیت‌الله صدوقی چشم از جهان فروبست.
سید روح‌الله خاتمی در سال ۱۳۲۴ ه. ق. در اردکان در خانواده‌ای روحانی متولد شد.

پدرش مرحوم آقا سید محمدرضا اردکانی و اجدادش همگی در سلک روحانیت بودند.

سید روح‌الله تا سن ۱۳ سالگی فارسی و عربی را آموخت و از آن پس مشغول فراگیری علوم دینی شد.

وی پس از تحصیل در اردکان راهی اصفهان شد و در محضر اساتید بزرگی، چون مرحوم میرزا علی شیرازی و مرحوم سید محمد نجف‌آبادی و استاد جامع معقول و منقول حاج سید علی نجف‌آبادی و مرحوم حاج آقا رحیم ارباب تلمذ نمود. پس از فراغت در اصفهان، به اردکان بازگشت و با آن‌که قصد توطن نداشت بنا بر وظیفه دینی و اصرار مردم رحل اقامت افکند و به ترویج اسلام پرداخت.

وی در خرداد ۴۲ به عنون رابط، اعلامیه‌ها و پیام‌های امام را منتشر و جنایات رژیم شاه را افشا می‌کرد. پس از پیروزی انقلاب اسلامی نیز از سوی امام خمینی به امامت جمعه اردکان و پس از شهادت سومین شهید محراب، آیت‌الله صدوقی، به سمت نماینده و امام جمعه یزد منصوب شد.

چه کسانی در مراسم تشییع و خاکسپاری آیت‌الله خاتمی در اردکان حضور داشتند؟

 مورخ یکشنبه ۸ آبان ۶۷، پیکر مرحوم سید روح‌الله خاتمی عصر روز جمعه ششم آبان ۶۷ پس از تشییع در یزد در محل دروازه قرآن این شهر به آمبولانس منتقل و در حالی که هزاران دستگاه اتومبیل آن را مشایعت می‌کردند به طرف زادگاهش، شهر اردکان حرکت داده شد. در مسیر انتقال پیکر آیت‌الله خاتمی به اردکان مردم مناطق حاشیه مسیر با استقبال و مشایعت جنازه، نسبت به مقام آن بزرگوار ادای احترام کردند.
بنا بر همین گزارش، در اردکان در حالی که مردم عزادار در مسیر خیابان‌های این شهر بر سر و سینه خود می‌زدند از جنازه آیت‌الله خاتمی استقبال کردند.

در این مراسم حجت‌الاسلام توسلی، نماینده حضرت امام، درباره شخصیت ارزنده آیت‌الله خاتمی و نقش ایشان در پیروزی انقلاب سخنرانی کرد، سپس با حضور حجت‌الاسلام سید محمد خاتمی (وزیر وقت فرهنگ و ارشاد اسلامی)، نماینده وقت دفتر امام، نمایندگان ریاست‌جمهوری، رئیس مجلس شورای اسلامی، نخست‌وزیر، وزیر کشور، فرزند آیت‌الله صدوقی و نمایندگان مردم استان یزد و نیز نماینده زرتشتیان سراسر کشور، استاندار و مسئولان استان و ائمه جمعه شهرستان‌های تابعه و مردم استان یزد، پیکر آیت‌الله خاتمی بر روی دستان دوستداران ایشان تا بهشت شهدای اردکان تشییع و در آن‌جا به خاک سپرده سد.

پیام امام به مناسبت درگذشت آیت‌الله خاتمی
در پی رحلت آیت‌الله سید روح‌الله خاتمی، حضرت امام خمینی پیام تسلیتی به این شرح فرستادند:

بسم‌الله الرحمن الرحیم
انا لله و انا الیه راجعون
اسلام و ایران یکی از پرفروغ‌ترین چهره‌های تقوی و خلوص و ایمان خود را از دست داد. برادر عزیزم خاتمی زنده‌دل چهره تابناک مبارزات خستگی‌ناپذیر روحانیت روشن‌ضمیر در دهه‌های اخیر این مرز و بوم بود. او روشنفکری متدین و مجتهدی بزرگوار و از خوبان امینی بود که اگر نتوان گفت: بی‌نظیر، مسلما کم‌نظیر بود. او با گوشت و پوست خود مبارزه را می‌فهمید و سختی‌های آن را، چون شربتی گوارا می‌نوشید. او یار و پناه محرومان بود. او یک عمر با تحجر و واپس‌گرایی جنگید و یکی از طرفداران بی‌بدیل اسلام ناب محمدی صل‌الله علیه و آله وسلم در عصر فریب و خودپرستی بود. او پاک زیست و پاک مرد و پاک در جوار رحمت ربش آرمید.
این ضایعه دردناک را به مردم ایران، خصوصا به اهالی متدین استان یزد و به خانواده مکرمش و فرزندان متدینش و فرزند فاضل باتقوی و متعهدمان جناب حجت‌الاسلام آقای حاج سید محمد خاتمی، وزیر محترم ارشاد اسلامی، تسلیت عرض می‌نمایم. خداوند او را غریق رحمت خویش گرداند.
جمعه ۶ ر ۸ ر ۶۷ روح‌الله الموسوی‌الخمینی