«این اقدام شتابزده در روزهای آینده در کمیسیون آموزش و تحقیقات مجلس که بنده عضو آن هستم، بیشتر مورد رسیدگی قرار میگیرد.»حداد عادل به هیات امنای دانشگاه آزاد هشدار داد: «ین اقدام شتابزده که در کام طراحان آن شیرین است، در آینده برای آنان تلخ و پشیمانکننده خواهد بود.
غلامعلی حداد عادل رئیس فراکسیون اصولگرایان مجلس در حاشیه مراسم صلح عادلانه در نظام جهانی با انتقاد شدیدی از برکناری رئیس دانشگا هآزاد اسلامی گفت: «این اقدام شتابزده در روزهای آینده در کمیسیون آموزش و تحقیقات مجلس که بنده عضو آن هستم، بیشتر مورد رسیدگی قرار میگیرد.»حداد عادل به هیات امنای دانشگاه آزاد هشدار داد: «این اقدام شتابزده که در کام طراحان آن شیرین است، در آینده برای آنان تلخ و پشیمانکننده خواهد بود.»
عضو کمیسیون آموزش و تحقیقات مجلس در پاسخ به این سؤال که آیا این تغییرات را در راستای تأثیرگذاری در انتخابات آینده مجلس میدانید یا خیر، گفت: «این موضوع محتمل است ولی چون سندی ندارم اظهارنظر نمیکنم اما شک ندارم که خیلیها برای تصرف بهارستان و مجلس آینده برنامه دارند.»روز پنجشنبه هیات امنای دانشگاه آزاد اسلامی با تشکیل جلسه ای به ریاست آیت الله هاشمی رفسنجانی رای به برکناری فرهاد دانشجو، داد.
در این جلسه شش نفر از اعضای هیات امنای دانشگاه با برکناری دانشجو موافقت کردند. رسانههای اصولگرا از 10 روز پیش زمزمههای برکناری دانشجو را مطرح کرده بودند. به گزارش فرارو در این رابطه بحثهایی پیرامون نامه ای که بازرسی ویژه ریاست جمهوری در روزهای پایانی دولت دهم به دانشگاه آزاد ارسال کرده بود، شکل گرفت. در این نامه زارع رئیس بازرسی ریاست جمهوری در دولت دهم از فرهاد دانشجو در خواست کرده بود که توضیحاتی درباره عملکرد خود در مسائل مالی، عزل و نصبهای خانوادگی و عملکرد انتخاباتی دانشگاه ارائه کند.
فرهاد دانشجو 27 دی ماه سال 1390 پس از کش و قوسها فراوان از سوی هیات امنای دانشگاه آزاد که در آن زمان تغییر ترکیب داده بود و با رأی شورای عالی انقلاب فرهنگی قدرت نفوذ دولت وقت در آن افزایش یافته بود، برخلاف نظر هیات مؤسس فرهاد دانشجو، برادر وزیر وقت علوم را به ریاست دانشگاه انتخاب کرد. در آن زمان ترکیب هیات امنا به این ترتیب بود اکبر هاشمی رفسنجانی، سید حسن خمینی و حمید میرزاده (سه نماینده هیأت موسس)، محمد محمدیان (رئیس نهاد نمایندگی ولی فقیه در دانشگاهها)، کامران دانشجو (وزیر علوم)، مرضیه وحید دستجردی (وزیر بهداشت)، فرهاد دانشجو، بهمن یزدی صمدی و فریدون عزیزی (سه نماینده شورای عالی انقلاب فرهنگی) و عبدالله جاسبی (رئیس دانشگاه و دبیر هیأت امنا).
در جلسه انتخاب فرهاد دانشجو به عنوان ریاست دانشگاه، هاشمی رفسنجانی خواستار ارائه برنامه از سوی کاندیداهای ریاست و سپس رای گیری بود اما طیف مقابل لزومی به ارائه برنامه ندیده و اعلام کردندکه به ریاست فرهاد دانشجو رای مثبت میدهند.پس از پایان جلسه فرهاد دانشجو و هوادان وی ریاست او بر دانشگاه آزاد را اعلام کردند و در مقابل دبیرخانه هیأت امنای دانشگاه با صدور بیانیهای انتخاب وی را رد کرد و گفت که ریاست جلسه با هاشمی رفسنجانی بوده و از سوی وی رأی گیری انجام نشدهاست. اما کامران دانشجو، وزیر علوم ایران مدعی بود که ریاست جلسه با وی بودهاست.تا این که نهایتا 27 دی ماه شورای عالی انقلاب فرهنگی ریاست فرهاد دانشجو را تأیید کرد.اما پس از برگزاری انتخابات ریاست جمهوری یازدهم و پیروزی حسن روحانی ترکیب هیات امنای دانشگاه آزاد نیز تغییر کرد و با حضور جعفر توفیقی به عنوان سرپرست وزارت علوم و حسین هاشمی وزیر بهداشت و درمان در ترکیب تازه، شرایط به سود آیت الله هاشمی رفسنجانی و هیات موسس دانشگاه تغییر پیدا کرد و در جلسه اضطراری هیات امنای جدید تصمیم به برکناری دانشجو گرفت و به جای وی حمید میرزاده را به عنوان سرپرست دانشگاه انتخاب کرد. برکناری فرهاد دانشجو انتقاد شدید رسانههای اصولگرا را در پی داشته است، به گونه ای که برخی از این رسانهها این برکناری را سیاسی تفسیر میکنند.