شهید آیتالله مطهری می گوید: "سیدعلی خامنهای از نمونههای ارزندهای است که برای آینده موجب امیدواری است. من از اخلاص آقای خامنهای تعجب میکنم، ایشان هیچ به دنبال خودنمایی نیست که بخواهد خودش را مطرح کند و خودش را نشان بدهد، من در جریان کمیته استقبال از حضرت امام بیشتر به تقوای ایشان پی بردم.(به نقل از همسر شهید مطهری)
شهید مطهری در پنجم بهمن 1353 به تجلیل از شخصیت آیتالله سیدعلی خامنهای پرداخته است.
آیتالله خامنهای در آن زمان توسط شهربانی استان خراسان بازداشت شده بود. در گزارش ساواک آمده است: "مطهری در محل دانشکده الهیات دانشگاه تهران، ضمن اظهار تأسف از بازداشت سیدعلی خامنهای اظهار داشته: ما کمتر نمونه ارزنده چون [آیتالله]خامنهای داریم و این نیروها هم باید با اینگونه هدر روند و گوشههای زندان تلف گردند. مطهری پس از ستودن [آیتالله]خامنهای او را از عوامل مؤثر در روشن کردن افکار اجتماع دانسته است