بعد از اینکه در دوران مدیریت علی اکبر طاهری، او در بحث مالیات با موفقیت بزرگی در دوران خود همراه شد، در ادامه در زمان گرشاسبی و عرب این موضوع نادیده گرفته شد و اکنون بحث مربوط به مالیات برانکو می‌تواند به دردسر بزرگی برای این باشگاه تبدیل شود.
علی اکبر طاهری در زمان مدیریت خود در پرسپولیس موفق شده بود در جلساتی با معاون مالیاتی و ممیزی، بدهی مالیاتی دوران حضورش در این باشگاه را به صفر برساند و مفاصاحساب خود را دریافت کند. با این حال بعد از کناره‌گیری طاهری و با حضور حمیدرضا گرشاسبی و بعد از آن ایرج عرب در صندلی مدیرعاملی این باشگاه، توجهی به بحث مالیاتی نشده است و خصوصا درباره برانکو ایوانکوویچ اکنون آنها با چالش بزرگی مواجه هستند.
برانکو طی دو سال پایانی حضور خود در پرسپولیس و ایران مالیاتش پرداخت نشده بود و این مساله اکنون باعث انباشته شدن این مبلغ شده است تا ماجرایی شبیه دوران حضور سرمربی سابق تیم ملی شکل گیرد.
با این حال موضوع به اینجا ختم نشده و طبق توافقاتی برانکو قادر خواهد بود مالیات دوران حرفه‌ای خود را، در کشور کرواسی نیز پرداخت کند و بعد از آن رسیدش را ضمیمه شکایت مطالباتش از این باشگاه در فیفا کند. موضوع مهم اما این است که پرسپولیس طبق توافقات صورت گرفته باید مالیات این سرمربی را پرداخت کند. اگر مالیات این مربی در ایران پرداخت شود، باشگاه پرسپولیس باید 22 درصد مالیات پرداخت کند اما اگر سرمربی پرسپولیس آن را در کرواسی پرداخت کند 40 درصد باید به دولت این کشور پرداخت کند.
برانکو هنوز به توافقی برای دریافت مطالبات خود از زمان حضور در پرسپولیس نیز دست نیافته است و اگر قرار به پرداخت مالیات او در کشور کرواسی باشد، باشگاه پرسپولیس نزدیک به 2 میلیارد دیگر باید به این بدهی خود بیفزاید که می‌تواند چالش بزرگی در اوضاع اقتصادی نه چندان مناسب این باشگاه باشد. محمدحسن انصاری‌فرد که از زمان حضورش در این باشگاه در توافق با اسپانسرها برای تامین منابع مالی مدنظر ناکام مانده، چند روز پیش با اخذ وام از اسپانسر کنونی (5 میلیارد تومان) و همچنین وصول مطالباتی که از ای اف سی (280هزار دلار) داشته‌اند، توانسته بخشی از مطالبات کادرفنی و بازیکنان را پرداخت کند و باید دید برای این موضوع نیز قادر خواهد بود راهکاری به دست بیاورد یا خیر.