ج) پس از آل مظفر:
اهمیت فراوان میبد در دوره آل مظفر باعث کینه توزی امیر تیمور گورکانی شد؛ با انقراض سلسله مظفری و قتل عام آنان به دست تیمور، میبد نیز از جایگاه خود فروافتاد(اسفنجاری کناری، 1385: 25) و نارین قلعه آن به دستور تیمور با خاک برابر گردید(مستوفی بافقی، ج3، 1385: 722). بعد از نابودی این سلسله تاریخ میبد چندان روشن نیست(موسوی نژاد، 1366: 13). اما مسلم است که تا این دوره اردکان از توابع میبد محسوب می شد و میبد هم به لحاظ آنکه مسقط الراس آل مظفر بود و هم به واسطه قرار داشتن بر سر راه اصلی نسبت به اردکان و آبادی های اطراف مرکزیت داشت. اردکان به دلیل دور بودن از راه اصلی یزد به نائین، از اهمیت بسیار کمی برخوردار بود(افشار سیستانی، 1360: 55). حتی پس از انقراض آل مظفر و در روزگار جهانشاه قراقویونلو احمد کاتب نیز می نویسد: «... به قریه اردکان که از ولایت میبد است...»(کاتب، 1386: 143). با این وجود به سبب انقراض آل مظفر و تخریب میبد که خاستگاه آنان بود به دست رقیبانشان از جمله تیمور رفته رفته از رونق این شهر کاسته شد و به همان میزان اندک اندک بر رونق کانون جمعیتی مجاور آن یعنی اردکان افزوده می شد و از این دوره، اردکان همراه چندپاره محلات و آبادی های همجوار به عنوان هسته ای مجزا مطرح شده و به صورت مستقل به حیات خود ادامه داده است(اسفنجاری کناری، 1385: 36).
د) صفویه تا قاجار
یزد در دوران صفوی به عنوان یک مرکز تجارت از اهمیت بیشتری برخوردار می گردد. در این دوران راه پایتخت (قزوین) به تهران و از طریق سمنان، جندق به اردکان و یزد رونق زیادی می گیرد و از این رهگذر بر اهمیت قصبه اردکان افزوده می گردد. در دوران شاه عباس و پس از انتقال پایتخت به اصفهان نیز، راه شاهی اصفهان به یزد و کرمان از طریق کلیشاد، ورزنه، سروعلیا، و عقدا به اردکان مجدداً احیاء می گردد(هامون، جلد5، 1365: 48-15). بنابراین از دوره صفوی به واسطه تغییرات و اصلاحاتی که در شبکه راههای قدیمی منطقه به وجود آمد، کم کم اردکان به عنوان هسته ای مستقل مطرح شده (اسفنجاری کناری، 1385: 26).
به نظر می رسد که اردکان در دوره صفوی توسعه قابل ملاحظه ای یافته و از یک ده به قصبه ارتقاء یافته است. برخی از متون از میبد و اردکان به صورت «بلوک میبد و اردکان» یاد می کند. و این می تواند به نوعی بیانگر موقعیت یکسان اردکان در برابر میبد باشد(ابویی مهریزی، 1383: 63). مستوفی بافقی در روزگار شاه سلیمان صفوی از آن تحت عنوان بلده یا قصبه نام می برد و جدای از میبد به توصیف قصبه اردکان پرداخته و اظهار می دارد: «... قصبه طیبه اردکان ... از قدیم الایام محل توطن فضلا و علما و حکما و منجمین و دانشمندان بوده و هست و در میان اصحاب هوش به یونان کوچک اشتهار دارد و حال تقریر این رقبه آن مکان در نهایت معموری است ...»(مستوفی بافقی، ج3، 1385: 726). بنابراین این تعابیر نشان دهنده گسترش و آبادانی اردکان در قرن دهم هجری است(افخمی عقدا، 1376: 128). در عصر صفوی علمای نامداری از اردکان به ویژه در زمینه های ریاضی و نجوم برخاستند و گویا اهالی اردکان در این زمینه شهره بوده اند، تا بدانجایی که حتی پیشه وران و مردم عادی کوچه و بازار نیز بدان علاقمند بوده اند(ابویی مهریزی، 1383: 64). از جمله علمای اردکان در عصر مذکور مولانا محمد طاهر اردکانی یزدی است که در زمره ریاضی دانان و منجمان برجسته سده یازدهم هجری در دربار صفوی جای دارد. شاه صفی، قصبه اردکان را به عنوان تیول مولانا محمدطاهر اردکانی یزدی مقرر نمود(مستوفی بافقی، ج2، 1385: 391).
هرچند متون صفوی همچنان از میبد به عنوان قصبه معتبر یاد می کنند(مستوفی بافقی،ج3، 1385: 721) امامیبد در دوره صفویان نتوانست اهمیت دیرین خود را بازیابد؛ بویژه آنکه در این زمان میبد چندبارمحل اجتماع مخالفان صفویه نیز شده است. مقارن ظهور شاه اسماعیل صفوی افراط در تعصب مذهبی و کشتارهای بی مورد، خسارتهایی به یزد وارد کرد؛ نمونه آن کشتن دانشمند بزرگ آن روزگار، قاضی میرحسین میبدی است که به اتهام تسنن به آتش قهر سوخت. شاید شورشی که مردم یزد بعد از قتل قاضی میرحسین به راه انداختند و عامل شاه را کشتند، ناشی از این عمل بود(دهقان منشادی، 1388: 39). در قیام پسیخانیان نیز، این شهر چندی پناهگاه شورشیان پسیخانی و نقطوی شد(اسفنجاری کناری، 1385: 25) و شاه عباس در ضمن دومین سفر خود به یزد سران ایشان را در شمس آباد میبد به قتل رساند(ابویی مهریزی، 1383: 62).و از بد حادثه شاه نعمت الله نیز به میبد می آید که در تاریخ عالم آرا مسطور است(موسوی نژاد، 1366: 18).
پس از صفویه تا قاجار نیز متدرجاً از شئون میبد کاسته می شد و بر مراتب اردکان افزوده می گردید(آیتی، 1317: 49). از علل مهم این رخداد می توان به تغییرات ایجاد شده در راهها و همچنین تبعید یا سکونت خانواده های معتبر و صاحب نامی همچون ملک افضل در اردکان اشاره نمود که نسبت به رونق آن منطقه همت گماردند...(طباطبایی اردکانی، 1381: 57).